今天有一位勞務派遣公司財務人員咨詢，“他們取得了符合規定的增值稅專用發票并已按規定勾選，稅收管理員卻不讓她們抵扣，究竟是為什么呢？”
首先，我們先確定該一般納稅人勞務派遣公司增值稅的計稅方法。
根據《財政部國家稅務總局關于進一步明確全面推開營改增試點有關勞務派遣服務、收費公路通行費抵扣等政策的通知》（財稅〔2016〕47號）規定，一般納稅人提供勞務派遣服務，可以按照《財政部國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅[2016]36號）的有關規定，以取得的全部價款和價外費用為銷售額，按照一般計稅方法計算繳納增值稅；也可以選擇差額納稅，以取得的全部價款和價外費用，扣除代用工單位支付給勞務派遣員工的工資、福利和為其辦理社會保險及住房公積金后的余額為銷售額，按照簡易計稅方法依5%的征收率計算繳納增值稅。
通過上述規定可知，一般納稅人勞務派遣公司提供勞務派遣服務增值稅存在兩種計稅方法，一種是一般計稅方法，適用稅率6%；另一種是差額簡易計稅方法，適用征收率5%。
其次，我們再確定一下增值稅進項稅額抵扣的相關規定。
根據《增值稅暫行條例》第十條規定，用于簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、勞務、服務、無形資產和不動產的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
如果該勞務派遣公司提供的勞務派遣服務全部選用簡易計稅方法，那么取得增值稅專用發票的進項稅額全部不得抵扣，建議勾選后作進項稅額轉出處理。
適用一般計稅方法的納稅人,兼營簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目而無法劃分不得抵扣的進項稅額，按照下列公式計算不得抵扣的進項稅額：
不得抵扣的進項稅額＝當期無法劃分的全部進項稅額×（當期簡易計稅方法計稅項目銷售額+免征增值稅項目銷售額）÷當期全部銷售額
主管稅務機關可以按照上述公式依據年度數據對不得抵扣的進項稅額進行清算。
如果該勞務派遣公司提供的勞務派遣服務部分選用一般計稅方法、部分選用簡易計稅方法，那么該勞務派遣公司需按上述公式計算先法劃分全部進項稅額的不得抵扣的進項稅額金額，與可劃分不得抵扣部分一并作進項稅額轉出處理。
最后，總結一下：
1、一般納稅人勞務派遣公司如果全部適用一般計稅方法，適用稅率6%，進項稅額可按相關規定抵扣處理；
2、一般納稅人勞務派遣公司如果全部適用簡易計稅方法，適用征收率5%，進項稅額全部不得抵扣，建議三項資產（包括固定資產、無形資產、不動產）最好取得專票，認證后再轉出處理，三項資產外的支出取得普票即可；
3、一般納稅人勞務派遣公司如果部分選擇適用一般計稅方法，部分選擇簡易計稅方法，則要分別核算，分別適用稅率6%或適用征收率5%，無法劃分的全部進項稅額按前述公式計算不得進項稅額金額，能夠劃分的則按規定抵扣或全部轉出處理。
